萃取設備在酶的雙水相萃取中應用時可以有效的去除細胞碎片，同時也可以初步提純所需的溶質。

細胞碎片的存在，對相比有明顯改變，密度增加、細胞碎片常優先分配于下相，因此使下相粘度增加，一般95%以上的酶被萃取設備萃取到富含聚乙二醇的上相中，而把不溶物和可溶蛋白和其他雜質留在下相。但酶也并不是一定要分配在上層。

由于純的酶很貴，作為成相聚合物不加以回收很不經濟。然而萃取設備在酶的雙水相萃取中應用可以很好的解決這個問題，利用較便宜的粗酶進行一定程度的水解，雖然水解會減低粘度，但仍然產生分子量在一定范圍內的大分子。

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